La Copa Ecuador 2024 definió los cruces de los dieciseisavos de final, los partidos iniciarán desde el 19 de julio de 2024. En esta fase se sigue rigurosamente la normativa que establece que los equipos de la Serie A jugarán como visitantes contra clubes de la Serie B y segunda categoría.

Las fases de 16avos, 8vos y 4tos de final se jugarán a partido único. El equipo de menor categoría será local. En caso de empate en los 90 minutos, el ganador se decidirá por penales. Las semifinales serán la única fase que se jugará a ida y vuelta. La final se disputará en un estadio neutral. El ranking Conmebol determinó la posición de los equipos de Serie A de LigaPro en el cuadro de la Copa Ecuador. Los clubes de Serie B y Segunda Categoría se ubicaron según la tabla de posiciones acumulada en la Serie B y el Ascenso Nacional, priorizando el rendimiento de los equipos.

El primer cruce que se definió fue Bonita Banana vs. Liga de Quito. Otros cruces destacados son Independiente del Valle contra Olmedo, Barcelona contra Independiente Juniors, Emelec contra AV25, y El Nacional contra Baños Ciudad de Fuego.

Liga de Quito y Barcelona comparten el lado izquierdo del cuadro. Solo podrán enfrentarse en una posible semifinal. En el lado derecho del cuadro están Independiente del Valle y Emelec. Estos equipos solo se pueden enfrentar en semifinales. Existe la posibilidad de un Clásico del Astillero en la final, lo cual emociona a los aficionados.

Lista de Partidos 16avos de final

• Bonita Banana vs Liga de Quito
• Deportivo Cuenca vs Manta
• Baños Ciudad de Fuego vs El Nacional
• Deportivo Santo Domingo vs Orense SC
• Independiente Juniors vs Barcelona SC
• Leones del Norte vs Mushuc Runa
• La Castellana vs Mushuc Runa
• Vicentino Dragón vs Libertad FC
• CD Olmedo vs Independiente del Valle
• Cuniburo vs Macará
• Junior FC vs Delfín SC
• Guayaquil City vs Cumbayá
• AV25 vs Emelec
• La Cantera de Pastaza vs Técnico Universitario
• La Paz vs Universidad Católica
• Santa Elena Sumpa vs Imbabura